Spaces:
Sleeping
Sleeping
Update app.py
Browse files
app.py
CHANGED
|
@@ -1,50 +1,218 @@
|
|
| 1 |
import gradio as gr
|
| 2 |
import numpy as np
|
| 3 |
-
import
|
| 4 |
from tensorflow.keras.models import load_model
|
| 5 |
-
|
| 6 |
-
|
| 7 |
-
|
| 8 |
-
|
| 9 |
-
|
| 10 |
-
|
| 11 |
-
|
| 12 |
-
|
| 13 |
-
|
| 14 |
-
|
| 15 |
-
|
| 16 |
-
|
| 17 |
-
|
| 18 |
-
|
| 19 |
-
|
| 20 |
-
|
| 21 |
-
|
| 22 |
-
|
| 23 |
-
|
| 24 |
-
|
| 25 |
-
|
| 26 |
-
|
| 27 |
-
|
| 28 |
-
|
| 29 |
-
|
| 30 |
-
|
| 31 |
-
|
| 32 |
-
|
| 33 |
-
|
| 34 |
-
|
| 35 |
-
|
| 36 |
-
|
| 37 |
-
|
| 38 |
-
|
| 39 |
-
|
| 40 |
-
|
| 41 |
-
|
| 42 |
-
|
| 43 |
-
|
| 44 |
-
|
| 45 |
-
|
| 46 |
-
|
| 47 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 48 |
|
| 49 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 50 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
import gradio as gr
|
| 2 |
import numpy as np
|
| 3 |
+
import cv2
|
| 4 |
from tensorflow.keras.models import load_model
|
| 5 |
+
import tensorflow as tf
|
| 6 |
+
from tensorflow import keras
|
| 7 |
+
|
| 8 |
+
# Cargar el modelo entrenado
|
| 9 |
+
MODEL_PATH = 'modelo_isatron_jeysshonl.h5'
|
| 10 |
+
model = load_model(MODEL_PATH)
|
| 11 |
+
|
| 12 |
+
# Función para encontrar la última capa convolucional
|
| 13 |
+
def find_last_conv_layer(model):
|
| 14 |
+
"""Encuentra la última capa convolucional en el modelo"""
|
| 15 |
+
for layer in reversed(model.layers):
|
| 16 |
+
if 'conv' in layer.name.lower():
|
| 17 |
+
return layer.name
|
| 18 |
+
raise ValueError("No se encontró una capa convolucional en el modelo.")
|
| 19 |
+
|
| 20 |
+
# Obtener el nombre de la última capa convolucional
|
| 21 |
+
try:
|
| 22 |
+
last_conv_layer_name = find_last_conv_layer(model)
|
| 23 |
+
print(f"Última capa convolucional encontrada: {last_conv_layer_name}")
|
| 24 |
+
except ValueError as e:
|
| 25 |
+
print(f"Advertencia: {e}")
|
| 26 |
+
last_conv_layer_name = None
|
| 27 |
+
|
| 28 |
+
# Definir tamaño de imagen (tu modelo usa 224x224)
|
| 29 |
+
IMG_SIZE = 224
|
| 30 |
+
|
| 31 |
+
def load_and_preprocess_image(img):
|
| 32 |
+
"""Preprocesa la imagen para el modelo"""
|
| 33 |
+
# Convertir imagen de Gradio (PIL Image) a array numpy
|
| 34 |
+
img = np.array(img)
|
| 35 |
+
|
| 36 |
+
# Si la imagen es RGB, convertir a escala de grises si el modelo lo requiere
|
| 37 |
+
# Tu modelo parece usar RGB (224, 224, 3), así que mantenemos RGB
|
| 38 |
+
if len(img.shape) == 2: # Si es escala de grises
|
| 39 |
+
img = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_GRAY2RGB)
|
| 40 |
+
|
| 41 |
+
# Redimensionar imagen al tamaño requerido
|
| 42 |
+
img = cv2.resize(img, (IMG_SIZE, IMG_SIZE))
|
| 43 |
+
|
| 44 |
+
# Normalizar imagen
|
| 45 |
+
img = img / 255.0
|
| 46 |
+
|
| 47 |
+
# Expandir dimensiones para batch
|
| 48 |
+
img = np.expand_dims(img, axis=0)
|
| 49 |
+
|
| 50 |
+
return img
|
| 51 |
+
|
| 52 |
+
def make_gradcam_heatmap(img_array, model, last_conv_layer_name, pred_index=None):
|
| 53 |
+
"""Genera un mapa de calor Grad-CAM"""
|
| 54 |
+
if last_conv_layer_name is None:
|
| 55 |
+
return None
|
| 56 |
+
|
| 57 |
+
try:
|
| 58 |
+
# Crear un modelo que mapee la imagen de entrada a las activaciones
|
| 59 |
+
grad_model = keras.models.Model(
|
| 60 |
+
[model.inputs],
|
| 61 |
+
[model.get_layer(last_conv_layer_name).output, model.output]
|
| 62 |
+
)
|
| 63 |
|
| 64 |
+
# Calcular el gradiente de la clase predicha
|
| 65 |
+
with tf.GradientTape() as tape:
|
| 66 |
+
last_conv_layer_output, preds = grad_model(img_array)
|
| 67 |
+
if pred_index is None:
|
| 68 |
+
pred_index = np.argmax(preds[0])
|
| 69 |
+
class_channel = preds[:, pred_index]
|
| 70 |
+
|
| 71 |
+
# Calcular los gradientes
|
| 72 |
+
grads = tape.gradient(class_channel, last_conv_layer_output)
|
| 73 |
+
|
| 74 |
+
# Pooling global de los gradientes
|
| 75 |
+
pooled_grads = tf.reduce_mean(grads, axis=(0, 1, 2))
|
| 76 |
+
|
| 77 |
+
# Multiplicar cada canal por su importancia
|
| 78 |
+
last_conv_layer_output = last_conv_layer_output[0]
|
| 79 |
+
heatmap = last_conv_layer_output @ pooled_grads[..., tf.newaxis]
|
| 80 |
+
heatmap = tf.squeeze(heatmap)
|
| 81 |
+
|
| 82 |
+
# Normalizar el mapa de calor entre 0 y 1
|
| 83 |
+
heatmap = tf.maximum(heatmap, 0) / tf.reduce_max(heatmap)
|
| 84 |
+
heatmap = heatmap.numpy()
|
| 85 |
+
|
| 86 |
+
return heatmap
|
| 87 |
+
except Exception as e:
|
| 88 |
+
print(f"Error generando Grad-CAM: {e}")
|
| 89 |
+
return None
|
| 90 |
+
|
| 91 |
+
def overlay_heatmap(heatmap, img, alpha=0.4):
|
| 92 |
+
"""Superpone el mapa de calor en la imagen original"""
|
| 93 |
+
# Redimensionar mapa de calor al tamaño de la imagen
|
| 94 |
+
heatmap = cv2.resize(heatmap, (img.shape[1], img.shape[0]))
|
| 95 |
+
|
| 96 |
+
# Convertir mapa de calor a RGB
|
| 97 |
+
heatmap = np.uint8(255 * heatmap)
|
| 98 |
+
heatmap = cv2.applyColorMap(heatmap, cv2.COLORMAP_JET)
|
| 99 |
+
|
| 100 |
+
# Asegurar que img esté en formato correcto
|
| 101 |
+
if len(img.shape) == 2: # Escala de grises
|
| 102 |
+
img = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_GRAY2BGR)
|
| 103 |
+
elif img.shape[2] == 3: # RGB
|
| 104 |
+
img = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_RGB2BGR)
|
| 105 |
+
|
| 106 |
+
# Aplicar mapa de calor a la imagen original
|
| 107 |
+
overlayed_img = heatmap * alpha + img
|
| 108 |
+
overlayed_img = np.uint8(overlayed_img)
|
| 109 |
+
|
| 110 |
+
# Convertir de nuevo a RGB para Gradio
|
| 111 |
+
overlayed_img = cv2.cvtColor(overlayed_img, cv2.COLOR_BGR2RGB)
|
| 112 |
+
|
| 113 |
+
return overlayed_img
|
| 114 |
+
|
| 115 |
+
def image_classifier(img):
|
| 116 |
+
"""Función principal de clasificación con Grad-CAM"""
|
| 117 |
+
# Mantener la imagen original para superponer
|
| 118 |
+
orig_img = np.array(img)
|
| 119 |
+
|
| 120 |
+
# Preprocesar la imagen
|
| 121 |
+
img_array = load_and_preprocess_image(img)
|
| 122 |
+
|
| 123 |
+
# Realizar predicción
|
| 124 |
+
preds = model.predict(img_array, verbose=0)
|
| 125 |
+
|
| 126 |
+
# Tu modelo devuelve [Normal, Neumonía]
|
| 127 |
+
normal_prob = float(preds[0][0])
|
| 128 |
+
pneumonia_prob = float(preds[0][1])
|
| 129 |
+
|
| 130 |
+
# Determinar el índice de la clase predicha
|
| 131 |
+
pred_index = np.argmax(preds[0])
|
| 132 |
+
|
| 133 |
+
# Generar mapa de calor si es posible
|
| 134 |
+
if last_conv_layer_name:
|
| 135 |
+
heatmap = make_gradcam_heatmap(img_array, model, last_conv_layer_name, pred_index=pred_index)
|
| 136 |
+
if heatmap is not None:
|
| 137 |
+
overlayed_img = overlay_heatmap(heatmap, orig_img)
|
| 138 |
+
else:
|
| 139 |
+
overlayed_img = orig_img
|
| 140 |
+
else:
|
| 141 |
+
overlayed_img = orig_img
|
| 142 |
+
|
| 143 |
+
# Preparar resultado de predicción
|
| 144 |
+
prediction_result = {
|
| 145 |
+
'NORMAL': normal_prob,
|
| 146 |
+
'NEUMONÍA': pneumonia_prob
|
| 147 |
+
}
|
| 148 |
+
|
| 149 |
+
return overlayed_img, prediction_result
|
| 150 |
+
|
| 151 |
+
# Crear interfaz Gradio mejorada
|
| 152 |
+
demo = gr.Interface(
|
| 153 |
+
fn=image_classifier,
|
| 154 |
+
inputs=gr.Image(type="pil", label="Subir imagen de rayos X"),
|
| 155 |
+
outputs=[
|
| 156 |
+
gr.Image(type="numpy", label="Imagen con Mapa de Calor (Grad-CAM)"),
|
| 157 |
+
gr.Label(label="Predicción", num_top_classes=2)
|
| 158 |
+
],
|
| 159 |
+
title="<h1 style='text-align: center;'>IsaTron V2: Herramienta de Apoyo al Diagnóstico de Neumonía</h1>",
|
| 160 |
+
description="""
|
| 161 |
+
<div style='text-align: justify;'>
|
| 162 |
+
IsaTron es una herramienta de inteligencia artificial desarrollada con redes neuronales convolucionales (CNN)
|
| 163 |
+
para apoyar el diagnóstico de neumonía pediátrica a partir de imágenes de rayos X de tórax. La IA analiza las
|
| 164 |
+
imágenes y produce un mapa de calor Grad-CAM que resalta las áreas de mayor relevancia para la predicción del
|
| 165 |
+
modelo, lo cual ayuda a los profesionales de la salud a visualizar mejor las zonas potencialmente afectadas.
|
| 166 |
+
</div>
|
| 167 |
+
<br>
|
| 168 |
+
<div style='text-align: justify;'>
|
| 169 |
+
<strong>⚠️ Advertencia Importante:</strong> IsaTron está diseñado exclusivamente como una herramienta de apoyo
|
| 170 |
+
al diagnóstico y NO reemplaza una evaluación médica profesional. Es crucial que los resultados generados por
|
| 171 |
+
esta herramienta sean interpretados por personal de salud calificado. Esta herramienta no debe utilizarse para
|
| 172 |
+
tomar decisiones clínicas sin la supervisión de un médico especialista.
|
| 173 |
+
</div>
|
| 174 |
+
""",
|
| 175 |
+
examples=[
|
| 176 |
+
['1normal.jpeg'],
|
| 177 |
+
['image1_pneumonia_virus.jpeg'],
|
| 178 |
+
['image1_pneumonia_bacteria.jpeg'],
|
| 179 |
+
['image2_normal.jpeg'],
|
| 180 |
+
['image2_pneumonia_bacteria.jpeg'],
|
| 181 |
+
['image3_normal.jpeg'],
|
| 182 |
+
['image4_normal.jpeg']
|
| 183 |
+
],
|
| 184 |
+
article="""
|
| 185 |
+
<div style='text-align: justify;'>
|
| 186 |
+
<h3>Sobre IsaTron</h3>
|
| 187 |
+
<p>
|
| 188 |
+
Este proyecto utiliza tecnologías avanzadas de inteligencia artificial, incluyendo redes neuronales
|
| 189 |
+
convolucionales (CNN) y Grad-CAM (Gradient-weighted Class Activation Mapping), para mejorar la
|
| 190 |
+
interpretabilidad de los resultados. IsaTron ha sido entrenado con imágenes médicas de rayos X de tórax
|
| 191 |
+
y es capaz de predecir neumonía con un alto grado de confianza.
|
| 192 |
+
</p>
|
| 193 |
+
<p>
|
| 194 |
+
<strong>Grad-CAM</strong> permite visualizar qué regiones de la imagen son más importantes para la decisión
|
| 195 |
+
del modelo, proporcionando transparencia en el proceso de clasificación y ayudando a los profesionales
|
| 196 |
+
médicos a comprender mejor el razonamiento de la IA.
|
| 197 |
+
</p>
|
| 198 |
+
<p>
|
| 199 |
+
Los resultados obtenidos deben ser confirmados por un médico especialista para realizar un diagnóstico
|
| 200 |
+
clínico adecuado. Para más información sobre el proyecto, visite:
|
| 201 |
+
<a href="https://repositorio.unbosque.edu.co/handle/20.500.12495/9514" target="_blank">
|
| 202 |
+
Repositorio Institucional Universidad El Bosque
|
| 203 |
+
</a>
|
| 204 |
+
</p>
|
| 205 |
+
</div>
|
| 206 |
+
<br>
|
| 207 |
+
<div style='text-align: center;'>
|
| 208 |
+
<p><strong>IsaTron V2 - Desarrollado por Jeysshon Bustos</strong></p>
|
| 209 |
+
<p>Universidad El Bosque © 2022-2024</p>
|
| 210 |
+
</div>
|
| 211 |
+
""",
|
| 212 |
+
theme=gr.themes.Soft(),
|
| 213 |
+
allow_flagging="never"
|
| 214 |
+
)
|
| 215 |
|
| 216 |
+
# Ejecutar la interfaz
|
| 217 |
+
if __name__ == "__main__":
|
| 218 |
+
demo.launch(share=True)
|